微生物是利用優化選取含有各種自然界中的高濃度、高活性的有效微生物菌群。這些生物菌能抑制垃圾中致臭微生物的生化活動，并利用某些臭味物作為自身的營養，有效地降低了垃圾腐爛速度及其所發臭氣的惡臭程度。
在實際使用中，用較簡單的裝置有效微生物菌的溶液淋灑在垃圾的表面，降低垃圾的腐爛速度和程度，達到除臭效果。垃圾中轉站除臭經過此方法處理后的垃圾，含有大量微生物的溶液會進入垃圾擠壓滲漏液中，不僅可以消除擠壓液的臭味，而且可降低垃圾滲漏液中BOD、COD的濃度，清除壓縮站滲漏液排放渠道中的臭氣，同時，溶液直接地淋灑在垃圾的表面，會降低灰塵揮發，也有利于改善中轉站室內的空氣質量。
