根據微生物在除臭作用中的存在形式，處理方法主要分為生物過濾法和生物吸收法，生物膜除臭技術正是結合了這兩種方法，可以有效的去除污水處理廠等惡臭物質。
1、生物過濾法
生物過濾法除臭是目前研究最多、工藝最成熟、應用最廣泛的生物除臭方法。該除臭法是在適宜條件下，使收集到的廢氣在通過長滿微生物的填料，臭源物質先被填料吸收，然后被其上的微生物氧化分解為二氧化碳和水，由此臭味除去。除臭過程中，固體載體上生長的微生物承擔著物質轉換的重要任務，微生物生長需要足夠的有機養分，所以固體載體中應含有一定濃度的有機物質。同時為保持微生物的活性，必須為其創造良好的生存環境，在操作過程中應注意控制溫度、濕度、pH、養份等指標。
2、生物吸收法
生物吸收法(也可稱為生物洗滌法)多采用活性污泥的方法，先將惡臭成分轉移到水中，然后，再將受污染的水進行微生物處理。按氣液接觸方式分為兩種形式：曝氣式和洗滌式。曝氣式與污水處理廠的生物曝氣類似，只是用臭氣代替空氣注入活性污泥中，所用的垃圾除臭設備通常是曝氣罐，風量為0.1～1 mm/s。該方法適用各種不同的惡臭氣體，效果較好，其去除率與污泥的濃度、pH、溶解氧(DO)、曝氣強度有關。
3、生物洗滌法
生物洗滌法是利用微生物、營養物和水組成的微生物吸收液來處理廢氣，此法適合吸收可溶性氣態物。吸收廢氣的微生物混合液再進行好氧處理，去除液體中吸收的污染物，經垃圾除臭設備處理后的吸收液可以重復利用。在生物洗滌法中，微生物及其營養物配料存在于液體中，氣體中的污染物通過與懸浮液接觸后轉移到液體中被微生物降解。
