在污水處理中，具有良好的生物菌群的污水處理機理是，在EM菌群中不僅存在著分化菌，而且還含有構成菌群，即好氧菌群、厭氧菌群和功能菌群，即好氧菌群、厭氧菌群和功能菌群。活化菌群作為一種多種細菌共存的有機體，經馴化后能在污水中迅速生長繁殖，并能快速區分污水中的有機物，同時又依賴于它們之間的共生、增殖和協同作用。代謝抗氧化劑，形成穩定復雜的生態系統，抑制有害微生物的生長繁殖，抑制硫、氮等惡臭物質的惡臭。激活具有凈水功能的原生動物、微生物和水生植物，通過這些生物的誘導作用達到凈水的目的。
生物除臭劑能去除硫化氫、氨等惡臭氣體，降低污水中的COD和氨氮含量，提高污水的凈化率，對人體、動植物無副作用，不會對環境造成污染。微生物垃圾除臭劑含有多種分化能力強的菌株，各菌株之間存在共生關系，形成一個功能基團，有利于微生物抑制潰瘍病菌的潰爛分化，向發酵分化轉化。有機酸的存在可以降解(區分)、吸收和固定N和S氧化物。
氣味來自廢物，糞便和污水等污染物中的乙醇，硫醇，硫醚，苯酚，甲酚，肼，脂肪酸，乙醛，酮，二硫化碳，氨和胺等物質。惡臭物質的生物降解是垃圾除臭劑過程的限速階段，可以看出微生物處于生物除臭的中心。微生物消化和吸收惡臭物質后發生的代謝物，繼續吸收和消化作為其他微生物的營養物質，并且循環導致惡臭物質逐漸降解。真菌的生長速度快，構造的過濾網可有效增加與氣體的接觸面積，適用于難溶性氣味。這些物質可以通過特定的微生物用作營養素。在提取這些物質后，微生物可以通過它們自身的物理和化學作用將它們分化成無味物質。
